Les arrêts maladie représentent un sujet sensible pour de nombreuses entreprises. Entre le maintien de salaire, les démarches administratives, les obligations déclaratives et les évolutions réglementaires, les employeurs doivent respecter un cadre précis sous peine d’erreurs de paie ou de risques de redressement.
En 2026, avec la digitalisation croissante des démarches sociales et le renforcement des contrôles liés à la DSN, la gestion des arrêts maladie devient encore plus importante pour les TPE et PME. Beaucoup de dirigeants pensent encore que l’Assurance Maladie prend tout en charge, alors qu’une partie des obligations financières et administratives repose directement sur l’employeur.
Chez GT Expertise, nous accompagnons les entreprises dans la gestion de la paie, des déclarations sociales et des obligations liées aux absences des salariés afin de sécuriser leur conformité sociale.
Que se passe-t-il lorsqu’un salarié est en arrêt maladie ?
Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail pour maladie, plusieurs acteurs interviennent :
- le salarié,
- l’Assurance Maladie,
- l’employeur,
- éventuellement l’organisme de prévoyance.
Le salarié doit transmettre son arrêt de travail dans les délais prévus. De son côté, l’employeur doit effectuer les déclarations nécessaires via la Déclaration Sociale Nominative (DSN).
Cette déclaration permet notamment :
- le calcul des indemnités journalières,
- le déclenchement des droits du salarié,
- la gestion du maintien de salaire.
Aujourd’hui, la quasi-totalité de ces formalités passe par la DSN, ce qui réduit les démarches papier mais augmente aussi la nécessité d’une paie correctement paramétrée.
L’employeur doit-il maintenir le salaire ?
Oui, dans de nombreux cas.
Contrairement à une idée répandue, l’arrêt maladie ne signifie pas automatiquement une perte totale de rémunération pour le salarié. Sous certaines conditions, l’employeur doit compléter les indemnités versées par la Sécurité sociale afin d’assurer un maintien partiel du salaire.
Le salarié doit notamment :
- avoir une ancienneté minimale,
- transmettre son arrêt dans les délais,
- être pris en charge par la Sécurité sociale.
Le niveau de maintien dépend :
- de la convention collective,
- de l’ancienneté,
- des accords d’entreprise,
- du régime de prévoyance éventuellement mis en place.
Dans de nombreuses conventions collectives, le maintien peut atteindre 90 %, voire 100 % du salaire pendant une certaine durée.
Les indemnités journalières de la Sécurité sociale
Pendant l’arrêt maladie, la Sécurité sociale verse des indemnités journalières au salarié après un délai de carence de trois jours dans la majorité des situations.
Ces indemnités sont calculées à partir du salaire brut du salarié dans certaines limites réglementaires.
Cependant, elles ne couvrent généralement qu’une partie du revenu habituel. C’est pourquoi le complément employeur ou la prévoyance jouent un rôle essentiel dans le maintien du niveau de rémunération.
La subrogation : un mécanisme fréquent en entreprise
Dans beaucoup d’entreprises, l’employeur pratique la subrogation.
Concrètement, cela signifie que :
- l’employeur continue de verser le salaire au salarié,
- et perçoit directement les indemnités journalières de la Sécurité sociale à sa place. (service-public.fr)
Ce système simplifie souvent la gestion pour le salarié, qui continue à recevoir un salaire relativement stable.
En revanche, il demande une gestion de paie rigoureuse afin d’éviter :
- les doublons,
- les erreurs de régularisation,
- les écarts de cotisations sociales.
Chez GT Expertise, nous constatons régulièrement que les erreurs de subrogation figurent parmi les anomalies de paie les plus fréquentes dans les PME.
Quelles déclarations l’employeur doit-il effectuer ?
La principale obligation déclarative passe aujourd’hui par la DSN événementielle.
L’employeur doit signaler rapidement :
- le début de l’arrêt,
- les éventuelles reprises anticipées,
- les prolongations,
- les temps partiels thérapeutiques.
Une déclaration tardive peut retarder :
- le versement des indemnités journalières,
- les remboursements,
- la prise en charge du salarié.
Avec l’automatisation des contrôles sociaux, les incohérences entre la paie, la DSN et les versements deviennent également plus visibles pour les organismes sociaux.
Le rôle de la prévoyance dans les arrêts longue durée
Dans certaines entreprises, un contrat de prévoyance complète les indemnités de la Sécurité sociale et le maintien employeur.
La prévoyance peut intervenir :
- après une certaine durée d’arrêt,
- pour compléter le salaire,
- en cas d’invalidité,
- ou d’incapacité prolongée.
Les règles dépendent :
- de la convention collective,
- des contrats souscrits,
- du statut du salarié.
Beaucoup d’employeurs sous-estiment encore l’importance de vérifier régulièrement les garanties de prévoyance afin d’éviter des situations complexes lors d’arrêts longs.
Conclusion
Les arrêts maladie ne se limitent pas à une simple absence du salarié. Maintien de salaire, déclarations DSN, subrogation, indemnités journalières et prévoyance impliquent des obligations précises pour l’employeur.
En 2026, avec l’automatisation des contrôles sociaux et la digitalisation des données de paie, les entreprises doivent sécuriser davantage leurs procédures RH et sociales.
Pour fiabiliser la gestion des arrêts maladie et sécuriser vos obligations sociales, GT Expertise accompagne les entreprises dans leur gestion de paie et leurs déclarations sociales.
